ザ・キング・オブ・ファイターズ2000開催中、衛星兵器ゼロ・キャノンにより1つの街が消失した。
しかし、それは人工衛星の落下事故と報じられ、各国の新聞の一面を飾った。
何らかの事故がつきもののK.O.F.は中止の声も少なからずあったが、皮肉なことに、このいわくつきの格闘大会は再び人気を取り戻していくのである。
それは、97年の大会と同等かそれ以上に過熱していった。
しかし、世界規模で行われるこの大会に、驚くべき事実が明らかになる。
大会にネスツチームがエントリーしているのである！
大会主催の真の目的は？今大会でもあの惨劇が繰り返されない保証はなにもない・・・
ザ・キング・オブ・ファイターズ・ネスツ3部作。今大会でついに完結！